Example of Custom FISH Probes

Gene	Chr#	Position	Size(kb	Type	Probe Map	FISH Photo
ALB	4	4q13.3	172	gene
AR	X	Xq12	139+198	break/apart
ARHGEF7	13	13q34	166	gene
BCOR	X	Xq11.4	176	gene
BLOC1S1 /GCN5L1	12	12q13.2	287	gene
BMPR2	2	2q33.1 -2q33.2	508	gene
BPTF	17	17q24.2	334	gene
BRAF	7	7q34	333+366	break/apart
CC2D1A	19	19p13.12	282	gene
CCDC6	10	10q21.2	342+365	break/apart
CCND1	11	11q13.3	339	gene
CD74	5	5q32	531	gene
CDC2L6 /CDK19	6	6q21	180	gene
CDC40	6	6q21	193	gene
CDH1	16	16q22.1	331	gene
CDK6	7	7q21.2	347	gene
CDKN2A	9	9p21.3	346	gene
CIC	19	19q13.2	376+386	break/apart
COL1A1	17	17q21.33	189	gene
CTNND2	5	5p15.2	469+313	break/apart gene
DAZ	Y	Yq11.23	293	gene
DLEU1	13	13q14.2	336	gene
DSCR4 /DSCR8	21	21q22.13	408	gene
DUX4	4	4q35.2	366	break/apart fusion gene
E2F3	6	6p22.3	319	gene
EGFR	7	7p11.2	312	gene
EIF5A1	17	17q13.1	302	gene
EIF5A2	3	3q26.2	330	break/apart gene
EPHA1	7	7q35	323	gene
EPHB6	7	7q34	374	gene
EPS8	12	12p12.3	188	gene
ERBB2	17	17q12	162	gene
ERBB4	2	2q34	327+365	break/apart
ETV6	12	12p13.2	170	gene
FGFR1	8	8p11.23	339	gene
FGFR2	10	10q26.12	348+382	break/apart
FN1	2	2q35	189	gene
FOSB	19	19q13.32	294	gene
FOXO4	X	Xq13.1	400	break/apart
FOXP1	3	3p14.1	352+368	break/apart
FOXP3	X	Xp11.23	116	gene
GNAS	20	20q13.3	334	gene
HEY1	8	8q21.13	297	gene fusion
HMGA2	12	12q14.3	332+348	break/apart
IFI30	19	19p13.11	368	gene
IGHE	14	14q32.33	272+414	break/apart
INI1	22	22q11.2	364+612	break/apart
IRS2	13	13q34	166	gene
JAZF1	7	7p15.1 -7p15.2	388+372	break/apart fusion
KDR	4	4q12	320	gene
KIF5B	10	10p11.22	333+325	break/apart gene
KIT	4	4q12	97	gene
KRAS	12	12p12.1	189	gene
KRT-10	17	17q21.2	304	gene
LATS1	6	6q25.1	339	gene fusion
LEMD3	12	12q15	152	gene
LGR6	1	1q32.1	384	gene
LIG4	13	13q33.3	185	gene
LNX1	4	4q12	352	gene
MCL1	1	1q21.2	329	gene
MDM2	12	12q15	385	gene
MECP2	X	Xq28	152	gene
MET	7	7q31.2	172	gene
MYB	6	6q23.3	286+403	break/apart
MYC	8	8q24.21	480	gene
MYCN	2	2p24.3	368	gene
NCOA2	8	8q13.3	332	gene
NCOA4	10	10q11.23	198+208	break/apart
NF2	22	22q12.2	280	gene
NFIB	9	9q23	392	gene fusion
NR4A3	9	9q22.33	350+323	break/apart
NRG1	8	8p12	300+377	break/apart
NUTM1	15	15q14	302+296	break/apart
PDE12	3	3p14.3	257	gene
PDGFB	22	22q13.1	363+433	break/apart
PDGFRA	4	4q12	368	gene
PDGFRB	5	5q33.1	365	gene
PIK3CA	3	3q26.32	373	gene
PIM1	6	6p21.2	359	gene
PKD2	4	4q22.1	340	gene
PRKCE	2	2p21	367+341	break/apart
PSEN1	14	14q24.2	398	gene
PSPC1	13	13q12.11q	305	gene
PTP4A3	8	8q24.3	228	gene
RET	10	10q11.21	169+437	break/apart gene
ROS1	6	6q22.1	190+191	break/apart
RPL22L1	3	3q26.2	204	gene
RPPH1	14	14q11.2	389	gene
SERPINE1	7	7q22.1	186	gene
SLC7A11	4	4q28.3	320	gene
SMARCB1 /INI1	22	22q11.23	364+612	break/apart
SMYD2	1	1q32.3	163	gene
SUZ12 /JJAZ1	17	17q11.2	345+365	break/apart
TCL1A	14	14q11.2	507	gene
TCRGC2	7	7p14.1	519	gene
TFE3	X	Xp11.23	352+420	break/apart
TNFAIP3	6	6q23.3	182	gene
TNIK	3	3q26.2-3q26.31	355	gene
TP53 /P53	17	17q13.1	307	gene
TRIB2	2	2p24.3	375+362	break/apart
TSC1	9	9q34.13	180	gene
TSC2	16	16p13.3	30	gene
XIST	X	Xq13.2	20	gene
YWHAE	17	17q13.3	333+303	break/apart